Apesar da intimidação e da violência generalizadas, o referendo foi realizado com sucesso e, dois anos depois, o Timor-Leste comemorou a restauração de sua soberania da Indonésia.
Em 2007, foram realizadas eleições parlamentares e a ONU mais uma vez desempenhou seu papel, como fez em outras eleições após a independência, garantindo que as cédulas de votação chegassem aos locais mais remotos.
Enquanto isso, policiais da ONU de Portugal e de outros países prestaram apoio à força da Polícia Nacional como parte dos esforços de manutenção da ordem pública em todo o país.
Durante os períodos de instabilidade, nos quais algumas pessoas foram forçadas a fugir de suas casas, as agências humanitárias da ONU puderam oferecer locais seguros para as comunidades se abrigarem.
O chefe da ONU, António Guterres (à esquerda), comemorou o 25º aniversário do referendo no Timor-Leste, dizendo que a independência foi possível graças à "afirmação coletiva do povo".
